Para ser transportado, cada tipo de carga demanda um modelo específico de navio. Portanto, portos que movimentam várias espécies de mercadorias devem estar preparados para receber as mais diferentes embarcações. É o caso do Porto de Santos, o principal do País.
O complexo marítimo é o destino dos mais diversos tipos de navios, de pequeno ou grande porte. E já trabalha para as escalas de cargueiros ainda maiores. Para isso, prepara a ampliação e o aprofundamento de seus acessos aquaviários, com a escavação dessas vias para a retirada de sedimentos – trabalho feito por um dos tipos de embarcação que vem à região, as dragas, projetadas especificamente para tal tarefa.
Tratando especificamente dos navios cargueiros, os maiores são os graneleiros e os conteineiros. Os primeiros transportam cargas soltas, sólidas ou líquidas, vegetais ou minerais. São eles que trazem e levam de Santos carregamentos de açúcar, soja, milho, fosfatos, sal e carvão, além de compostos químicos, petróleo e seus derivados, etanol e suco de laranja. No caso do embarque e desembarque de líquidos, recebem o nome de navios-tanque ou tanqueiros.
Já os porta-contêineres ou conteineiros são fabricados para levar cargas armazenadas nos tradicionais contenedores. Nos mais modernos, os porões contam com guias e celas, de modo a melhor acomodar os contêineres. Esse modelo de embarcação é o que mais cresce no mercado. Atualmente, teve início a construção de navios para mais de 20 mil TEU (unidade equivalente a um contêiner de 20 pés).
Outro tipo de cargueiro são os ro-ro, caracterizados pelas rampas instaladas em sua lateral ou na parte de trás (popa). É por elas que as cargas, carregadas em caminhões, são embarcadas ou desembarcadas. Esse tipo de operação é chamada, em inglês, de roll-on roll-off, o que deu origem ao termo ro-ro.
O Porto ainda recebe navios de passageiros, como os utilizados para viagens longas (os de cruzeiros) e os destinados a pequenos deslocamentos (como os catamarãs da Dersa e as catraias, que fazem a travessia entre as margens do estuário). E há os de recreio e esportivos, como lanchas e iates.
Santos também reúne embarcações reservadas para serviços de apoio à atividade portuária, como os rebocadores – projetados para empurrar ou puxar cargueiros durante sua atracação ou desatracação – e os supply boats, que levam equipamentos e mantimentos para plataformas de petróleo.