O sistema portuário brasileiro é formado pelos mais diversos tipos de complexos em relação a seu modelo de controle. Há aqueles administrados diretamente pela União ou por órgãos federais, estaduais ou municipais e, ainda, existem os controlados pela iniciativa privada.
Esses modelos estão previstos no atual marco regulatório do setor, a nova Lei dos Portos, de n 12.815, de 2013. Ela determina que os complexos portuários sejam explorados pela União, mas que essa atividade possa ser exercida de forma indireta, com a gestão sendo concedida, delegada ou arrendada a terceiros – entre eles, estão os governos estaduais e municipais, as autarquias ligadas a qualquer um dos três níveis de poder e a iniciativa privada.
O Porto de Santos, por exemplo, é administrado pela Companhia Docas do Estado de São Paulo (Codesp), uma sociedade de economia mista controlada pela União. Já o Porto de São Sebastião, no Litoral Norte do Estado, está sob a gestão da Companhia Docas de São Sebastião (CDSS), uma empresa do Governo de São Paulo.
Em Santa Catarina, na cidade de Itajaí, o porto é controlado pela prefeitura local. Já o Porto de Itapoá, na cidade de Itapoá, no mesmo estado, é operado por uma empresa particular, autorizada pelo Governo Federal.
Atualmente, o Ministério dos Transportes, Portos e Aviação Civil (MTPAC), por meio de sua Secretaria Nacional de Portos, pretende ampliar a autonomia administrativa das gestoras públicas, de modo a agilizar seus projetos e fazer com que os complexos atendam, com maior facilidade, as demandas de seus usuários. Para isso, um grupo de trabalho do Governo foi criado para analisar a questão.